AIエージェントに仕事を任せるフォルダ構成——グローバルとプロジェクトの役割、AIが読む順番を図解で解説

この記事でわかること

• Claude CodeなどのAIエージェントが、フォルダのどのファイルを「いつ」読むのか（3つの段階）
• グローバル（自分用）とプロジェクト（仕事用）のフォルダに、それぞれ何を置くか
• 指示書・手順（スキル）・記録・検査の4つの置き場所と、迷ったときの判断の目安
• 弊社のAI事業のフォルダ構成の実例と、CodexのAGENTS.mdとの対応表

Claude Codeを使い始めると、CLAUDE.mdやスキル、設定ファイルなど、置くものが少しずつ増えていきます。
すると「このルールはどこに書けばよいのか」「スキルは自分のフォルダとプロジェクトのフォルダのどちらに置くのか」で迷いやすくなります。
置き場所を間違えると、AIが指示を読まないことがあります。

この記事は、社内でAIエージェント（指示を受けて、自分で考えながら作業を進めるAI）の活用を任された方や、Claude Codeで業務の仕組みを作り始めた方に向けて書いています。
AIエージェントの解説は3回に分けて公開する予定で、今回の「フォルダ構成」が1回目、次回がAIを動かす外側の仕組みである「ハーネス」、その次がAIが作業と結果の確認を繰り返す仕組みである「ループ」です。

結論——フォルダは「AIがいつ読むか」で置き場所を決める

フォルダ構成の答えは、ファイルの種類ではなく「AIがいつ読むか」で置き場所を決めることだと考えています。
AIエージェントは、フォルダの中身をすべて一度に読むわけではありません。
読むタイミングは、大きく次の3つに分かれます。

3つのタイミングは、Claude Codeの公式ドキュメントの説明に沿って整理したものです（出典：Claude Code Docs「Claude があなたのプロジェクトを記憶する方法」・Claude Code Docs「Claude をスキルで拡張する」・Claude Code Docs「設定ファイルと優先順位」）。
毎回必要なものは「起動時に読む場所」へ、ときどき必要なものは「必要なときに読む場所」へ、破られると困るものは「守らせる仕組み」へ置くことをおすすめします。
この3つを分けておくと、AIが毎回読む量を小さく保ったまま、必要な手順や記録にも辿り着きやすい構成にすることができます。

AIエージェントがフォルダを読む流れ——起動時・必要なとき・守らせる仕組み

起動したときに必ず読むもの

Claude Codeは起動すると、作業を始めたフォルダと、その上にあるフォルダのCLAUDE.md（AIへの常設の指示書）をすべて読み込みます。
自分用の ~/.claude/CLAUDE.md も、このときに一緒に読まれます。
複数あっても上書きはされず、上のフォルダの内容から順に繋げて読まれます（出典：公式ドキュメント（メモリ））。

指示書のほかに、起動時に読まれるものが2つあります。
1つは自動メモリ（Claudeが作業中に気づいたことを自分で書き残すメモ）の目次にあたる MEMORY.md で、読まれるのは最初の200行か25KBまでです（出典：同上）。
もう1つはスキルの一覧で、ここで読まれるのは各スキルの名前と説明文だけです（出典：公式ドキュメント（スキル））。

必要になったときに読むもの

作業しているフォルダより下のフォルダにあるCLAUDE.mdは、起動時には読まれません。
AIがそのフォルダの中のファイルを読む・書く・直すときに、初めて読み込まれます（出典：公式ドキュメント（メモリ））。
スキルの本文も同じで、そのスキルを使うと判断したときに全文が読まれ、付属のファイルは本文から呼ばれたときに読まれます（出典：公式ドキュメント（スキル））。
自動メモリの詳細ファイルも同様です。

読まずに守らせるもの（設定ファイル・フック）

3つ目は、AIに「読ませる」のではなく、仕組みとして「守らせる」ものです。
settings.json（設定ファイル）には、AIが確認なしで実行してよい操作・禁止する操作や、フック（決まったタイミングで自動で動く処理）を書きます（出典：公式ドキュメント（設定））。
公式ドキュメントでも、CLAUDE.mdの中身はあくまで前提の情報であり、強制される設定ではないと説明されています。
「必ず守ってほしいこと」は指示書に書き足すより、設定やフックで止める方が確実です。

グローバルとプロジェクトの役割分担——「自分」と「仕事」で分ける

置き場所のもう1つの軸が、グローバルとプロジェクトです。
グローバルはパソコンの中のどのプロジェクトでも使われる「自分用」のフォルダ、プロジェクトはその仕事のフォルダの中だけで使われる「仕事用」のフォルダです。
迷ったら「自分についてのことはグローバル、仕事についてのことはプロジェクト」と分けると整理しやすくなります。

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表の区分は、公式ドキュメントの「.claude ディレクトリ」の一覧に沿って整理しています（出典：Claude Code Docs「.claude ディレクトリを探索する」）。
CLAUDE.mdそのものの書き方や、置き場所ごとの適用範囲の詳しい説明は、CLAUDE.mdとは？Claude Codeの”指示書”の書き方とテンプレ例で解説しています。

役割分担で気をつけたい点が2つあります。
1つ目は、グローバルとプロジェクトに同じ名前のスキルがあると、グローバル（個人）の方が優先されることです（出典：公式ドキュメント（スキル））。
業務のスキルを直したのに古い動きのまま、ということが起きる可能性があるので、両方に同じ名前を付けないことを推奨します。
2つ目は、グローバルのスキル（~/.claude/skills/）は、そのパソコンの中だけで使えることです。
Coworkや、インターネット上のコンピューターで動く作業環境からは読まれない為、チームや別の環境でも使う手順は、プロジェクトの側に置いておく方が安心です（出典：同上）。

何をどこに置くか——指示書・手順・記録・検査の4つの置き場所

実際に置くものは、次の4つに分けると運用しやすくなります。

新しいルールが出てきたら「毎回要るか」「手順か」「次回も要るか」「破られたら困るか」の4つを問うと、置き場所が決まります。
毎回要るなら指示書、手順ならスキル、次回も要るなら記録、破られたら困るなら検査です。
なお、特定のフォルダの作業にだけ関わるルールは、そのフォルダにCLAUDE.mdを置くか、.claude/rules/ に対象のファイルを指定したルールを置くと、関係する作業のときだけ読まれるようになります（出典：公式ドキュメント（メモリ））。

弊社の実例——AI事業のフォルダ構成

ここでは、弊社がAI事業の運営に使っているフォルダの構成を紹介します。
研修資料の作成、ブログの執筆、営業メールの準備、月次の振り返りまでを、Claude Codeと一緒に進めているフォルダです。

~/.claude/                 ← グローバル（自分用）
├── CLAUDE.md              ← 回答の言語・仕事の前提・好み
└── commands/              ← どのプロジェクトでも使う道具
    ├── codex.md           （別のAIに相談する）
    └── grok.md            （最新情報を検索する）

~/Claude/
├── CLAUDE.md              ← プロジェクトの一覧（上のフォルダ＝起動時に読まれる）
└── ai-jigyou/             ← プロジェクト（AI事業）
    ├── CLAUDE.md          ← 入口：最初にやること・主なコマンド
    ├── .claude/
    │   ├── skills/        ← 業務の手順（研修資料・振り返り・作業の締め など8本）
    │   ├── commands/      ← 業務の手順（ブログ投稿・営業メール など）
    │   └── settings.local.json ← 自分だけの設定（共有しない）
    ├── .company/
    │   ├── MEMORY.md      ← 現在地のメモ（毎回最初に読む）
    │   ├── secretary/     ← 窓口役の指示書＋日ごとの決定ログ
    │   ├── pr/            ← 広報の指示書＋記事の基準書・手直しの台帳
    │   └── sales-support/ ← 営業の指示書＋取引先ごとの記録（中身は非公開）
    └── scripts/           ← 検査・投稿・集計のスクリプト

この構成で意識している工夫は3つです。
1つ目は、部署ごとにCLAUDE.mdを分けていることです。
ブログを書いている間は営業の細かいルールを読まずに済み、毎回の読み込みが軽くなります。

2つ目は、現在地のメモには要点と記録の場所だけを書き、詳細は日付ごとの決定ログに分けていることです。
月が替わったら古い行を別のファイルへ移し、毎回読むメモを短く保っています。

3つ目は、確認をスクリプトに任せていることです。
たとえばブログでは、表記のルールや出典のリンク切れを検査のスクリプトが確かめ、手直しで見つかったことは基準書と台帳に追記しています。

フォルダ構成でよくある失敗と直し方

フォルダを作り始めた頃に起きやすい失敗を、4つにまとめました。
置き場所を見直すことで、減らせる可能性があります。

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指示書が長くなったら「この行は毎回要るか」を確かめることを推奨します。

CodexでもAGENTS.mdで同じ考え方が使える

ここまでの考え方は、OpenAIのCodexでもほぼそのまま使うことができます。
AGENTS.mdは複数のAIエージェントで使える共通の形式です（出典：AGENTS.md 公式サイト）。

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出典：Claude Code＝公式ドキュメント（.claude ディレクトリ）・公式ドキュメント（スキル）／Codex＝OpenAI Codex ドキュメント「AGENTS.md」・「Build skills」・「Config basics」

Codexも、プロジェクトの一番上のフォルダから作業しているフォルダまで順にAGENTS.mdを読み、作業しているフォルダに近いものほど後に読まれます。
読み込む量には上限があり、標準では合計32KiB（キビバイト＝データ量の単位）までです（出典：OpenAI Codex ドキュメント「AGENTS.md」）。
スキルも、最初は名前と説明文だけが読まれ、使うと判断したときに本文が読まれる仕組みです（出典：OpenAI Codex ドキュメント「Build skills」）。

Claude CodeとCodexを両方使う場合は、1つの指示書を共有する方法があります。
Claude Codeは、作業しているフォルダとその上のフォルダにCLAUDE.mdが無いときはAGENTS.mdを指示書として読みますが、CLAUDE.mdがあるときはCLAUDE.mdだけを読みます（出典：公式ドキュメント（メモリ））。
両方を置きたい場合は、CLAUDE.mdの中に @AGENTS.md と1行書いてAGENTS.mdを読み込み、その下にClaude Codeだけに伝えたいことを書く形が公式で紹介されています。
2つのツールの違いはClaude Code vs Codex、非エンジニアにおすすめはどっち？で比較しています。

まとめ——フォルダ構成の次は「ハーネス」

フォルダ構成は、AIに仕事を任せる為の土台です。
次回は、この土台の上でAIを動かす「外側の仕組み」であるハーネスを、図解で解説する予定です。
AIエージェントそのものの基本は、AIエージェントとは？対話型生成AIとの違いを図解でやさしく解説で紹介しています。

よくある質問

Q. Claude Codeのスキルは、グローバルとプロジェクトのどちらに置けばよいですか？

A. その仕事でしか使わない業務の手順はプロジェクトの .claude/skills/ に、どの仕事でも使う道具のような手順はグローバルの ~/.claude/skills/ に置くのがおすすめです。

Q. 下のフォルダに置いたCLAUDE.mdは、いつ読まれますか？

A. 起動したときには読まれず、AIがそのフォルダの中のファイルを読む・書く・直すときに読み込まれます。
部署や作業ごとのルールを下のフォルダに分けておくと、関係のない作業のときに読まずに済みます（出典：公式ドキュメント（メモリ））。

Q. .claude フォルダの中には何を置きますか？

A. プロジェクトの .claude/ には、スキル（skills）、設定ファイル（settings.json）、自分だけの設定（settings.local.json）などを置きます。
CLAUDE.mdは、プロジェクトのフォルダの直下か .claude/ の中のどちらに置いても読まれます（出典：公式ドキュメント（.claude ディレクトリ）・公式ドキュメント（メモリ））。

Q. AGENTS.mdとCLAUDE.mdは、両方作る必要がありますか？

A. Claude Codeだけを使うなら、CLAUDE.mdだけで足ります。
Codexも使う場合は、共通の内容をAGENTS.mdに書き、CLAUDE.mdから @AGENTS.md で読み込むと、同じ内容を2か所で直す手間を省くことができます（出典：公式ドキュメント（メモリ））。